Visos į Utenos kraštotyros muziejų patekusios muziejinės vertybės įtrauktos į muziejinę apskaitą: į gaunamų eksponatų knygą (GEK) bei į eksponatų inventorines knygas, kurios kiekviena turi savo šifrą. Muziejuje yra pagrindinis ir pagalbinis eksponatų fondai.
2019 m. gruodžio 31 d. muziejuje buvo saugoma 77434 eksponatai, iš jų pagrindiniame fonde – 40731 eksponatas, pagalbiniame fonde – 36703 eksponatai.
Pagrindinį fondą sudaro šie eksponatų rinkiniai:
- Archeologijos (A) – 1151.
- Dailės (D) – 3277.
- Gamtos (G) – 129.
- Gamybos technikos (GT) – 485.
- Fotonuotraukų (F) – 9993.
- Fotonegatyvų (Fn) – 4671.
- Istorijos-etnografijos (IE) – 7751.
- Fonotekos (Ft) – 24.
- Numizmatikos (N) – 6450.
- Raštijos (R) – 6794.
Sidabriniai eksponatai – daiktai ir monetos – dar įtraukti į specialias inventorines knygas.
Pagalbinį fondą sudaro šie eksponatų rinkiniai:
- Archeologijos (PFA) – 10120.
- Dailės (PFD) – 274.
- Fotonuotraukų ir negatyvų (PFFFn) – 21583.
- Istorijos-etnografijos ir gamybos technikos (PFIEGT) – 277.
- Numizmatikos (PFN) – 98.
- Raštijos (PFR) – 4332.
- Fonoteka – 19.
Eksponatai eksponuojami nuolatinėse ekspozicijose ir parodose, likusieji saugomi Utenos kraštotyros muziejaus saugykloje Utenio a. 15.
